Dibebaskan dari tugasnya di Organisasi 501, Motoko Kusanagi sekarang harus belajar bagaimana menerima perintah dari Aramaki. Seseorang hacks Logicomas, dan Batou enlists membantunya yang merupakan mantan perwira intelijen militer Ishikawa dan mantan ahli Borma artileri udara. Kusanagi juga berusaha untuk meminta sniper elite bernama Saito dan polisi yang menyamar Paz ke Bagian Keamanan Publik baru 9. dua kelompok saingan satu sama lain dalam kasus yang melibatkan seorang pria yang menerima kenangan palsu dari operasi transportasi pengungsi.