Tokoh protagonis Gunzo Chihaya dan kawan-kawannya, dengan bantuan pemberontakan Fog A.Is, menuju Amerika Serikat untuk menyajikan cetak biru untuk sebuah senjata yang akan mengubah gelombang perang demi kemanusiaan. Lebih mudah diucapkan daripada dilakukan karena Gunzo dan anggota kru Arpeggio lainnya mendapat perhatian dari Admiralty Code yang misterius. Sekarang mereka harus menghadapi ancaman Armada Kabut baru yang dikenal sebagai "Fog Student Council," yang merupakan model mental berpakaian seperti gadis SMA. Dewan Mahasiswa Fog mengajarkan bahwa akhlak bumi harus sesuai dengan moral Fog.